Wenn Du Dir die Flüge einzeln zusammengebucht hast, z.B. mit Qantas nach Perth und gesondert gebuchtem Flug weiter nach Cairns, dann wird das Gepäck nicht durchgecheckt. Sonst schon.
Vom Flughafen Perth aus kannst Du durchaus bei 9 Stunden Aufenthalt in die Stadt fahren.
Evtl. bekommst Du eine zeitlich sehr viel günstigere Verbindung hin, wenn Du z.B. mit Emirates oder einer anderen Linie per Direktflug nach Brisbane fliegst und von da aus mit gesondert gebuchten Billigflieger nach Cairns (soweit ich weiß, können die australischen Billiglinien von D aus nicht über ein Reisebüro gebucht werden sondern nur direkt über die Homepage).
Über Melbourne würde ich nicht gerade nach Cairns fliegen, denn das gibt ordentlich Mehrstunden in der Luft, weil Du über den Kontinent nach unten fliegst und dann wieder zurück nach Norden.

Yanjep

Was meinst Du mit "durchgehen"?

Je nach Airline-Konstellation mag das Gepäck bis zum Zielflughafen durchgecheckt sein (d.h. dann gelten die Barcode-Etiketten und Gepäckquittungen bis Cairns), ein Hinweis darauf wäre eine einheitliche Ticketreferenz-Nr. bis zum Zielflughafen. D.h. könnte bei einem Emirates/Qantas Arrangement der Fall sein, weniger wahrscheinlich falls die letzte Etappe mit Virgin ist.

Wobei dies eigentlich egal ist, denn: Falls die letzte Flugetappe ein Domestic Flug ist (bei QF z.B. erkennbar an hohen Flugnummern), dann müsst ihr das Gepäck auf jeden Fall nach der Landung in PER oder MEL vom Rollband nehmen und damit durch Immigration und Zoll/AQIS, da nur Internationale Terminals mit einer solchen Infrastruktur ausgerüstet sind. In der Ankunftshalle hat's dann wieder spezielle Domestic Gepäckschalter für die Aufgabe auf den Anschlussflug.

Je nach Terminal in Perth beträgt die Distanz zur City pro Weg etwa 30-40A$... fürs Taxi

Wem eine möglichst zügige Immi/Zoll/AQIS Abfertigung wichtig ist, der vermeidet solche Übungen in Perth, Brisbane oder MEL, sondern fliegt über Sydney! Dauerte dieses Jahr bei mir dort (mit Singapore/Virgin) trotz A380 erneut keine 20 Minuten, im Gegensatz zu bis zu 2h Schlange Stehen in den anderen Airports in den Vorjahren.