Buchen würde ich so früh wie möglich. Früh buchen ist meisst von den Preisen her besser, und du hast mehr Auswahl (Sitzplatz, Economy Premium. usw.) Spätbucher müssen nehmen was noch da ist. Ich empfehle Singapore Airline, mit Economy Premium. Kostet nicht viel mehr als Economy, hast aber bedeutend mehr Platz. Für uns ein Muss bei 13-Stunden Flügen 
Ein Paket zu buchen ist ev. günstiger, Also DE-Perth-Broom-Perth-DE ... such ein gutes Reisebüro dass die ein entsprechendes Package zusammen stellt. Inlandsflug am Anfang oder Ende der Reise? Je nach dem welche Richtung du lieber Fahren willst
. Musst halt auch schauen wo du das Fahrzeug übernehmen und zurückgeben kannst (8-tung Mehrkosten wegen Einweg-Miete).
Ich würde immer 4WD nehmen. Geht mich darum durch Wasser zu fahren, aber Zugang zu Stränden oder Nationalparks sind oft Gravelroads und da ist 4WD einfach sicherer. Ev. darfst du mit 2WD gar nicht überall hin, und bist so eingeschränkt und wirst einiges verpassen!
Ja, bei Perth - Darwin brauchst du keinen Inlandflug. Ab Darwin kommst du z.B. über Singapore nach DE.
Für diese Strecke wurde ich aber sicher 7 Wochen einplandn, Wenn du über die GIBB fährst, was unbedingt zu empfehlen ist, eher eine Woche länger.